Os primeiros de quem se têm notícia que usaram a hidroponia (do grego hidro ponos, que significa trabalho em água) foram os Sumérios, habitantes de antiga Mesopotâmia, que surgiram por volta do quinto milênio antes de Cristo. Na região, foram encontrados vestígios de poços e canais para a irrigação. Na Babilônia, os jardins suspensos da rainha Semíramis foram construídos baseados no cultivo hidropônico. As plantas eram cultivadas em terraços isolados por uma camada de folhas metálicas, sobre as quais provavelmente se colocava um substrato composto essencialmente de areia, um pouco de terra e limo. A água caía em cascata do terraço irrigando esses jardins, considerados uma das sete maravilhas do mundo. Outros exemplos de cultivos hidropônicos são os jardins flutuantes chineses da dinastia Chou (1027-770 a.C.) e as chinampas astecas que flutuavam em águas pantanosas no território de Tenochtitlan (México).

Mas o desenvolvimento científico da hidroponia – como a origem e a identificação dos nutrientes - só começou a ser estudado no século XVII. Em 1600, Jan Van Helmont realizou uma experiência com touceira de salgueiro com a qual concluiu que as plantas retiravam nutrientes da água para seu crescimento. Ao longo dos séculos seguintes várias experiências foram realizadas para se tentar descobrir a fórmula dos nutrientes essenciais para as plantas. A partir de 1850, surgiram diversas fórmulas básicas e algumas delas, apesar de terem sido apresentadas no início do século XX, ainda são utilizadas, modificadas ou não.

Em 1925, surgiu o interesse comercial das indústrias de casa de vegetação ou estufa pela utilização dos cultivos em solução nutritiva para resolver os problemas da necessidade de rotação de cultura, pragas, doenças, fertilidade e estrutura do solo com o objetivo de substituir o cultivo convencional. Entretanto, naquela época não havia um sistema hidropônico comercial.

Em 1929, William F. Gericke desenvolveu uma técnica de cultivo sem solo onde foram cultivados tomates, cereais, frutas, flores e tubérculos em grande escala. Em 1940, Gericke apresentou um trabalho descrevendo um sistema hidropônico quase comercial, pela primeira vez utilizando o termo hidroponia. Em razão das diferenças climáticas, disponibilidade de materiais, escassez de água e mão de obra de cada lugar, aos poucos o sistema hidropônico de Gericke foi sendo modificado. Mais tarde, o cultivo hidropônico foi analisado cientificamente e foram reconhecidas as suas principais vantagens.

Nas décadas de 50 e 60, as casas de vegetação expandiram-se rapidamente na Ásia e Europa e o cultivo hidropônico já havia se espalhado em vários países como Alemanha França, Itália, Suécia, antiga URSS, Israel, Inglaterra e Espanha. Em meados de 1960, surgiu a técnica do filme de nutrientes (NFT), desenvolvida pelo Glasshouse Crops Research Institute (CGRI), cujas pesquisas também influenciaram o desenvolvimento de outros sistemas hidropônicos. No Brasil, o desenvolvimento do cultivo hidropônico comercial deve-se ao pioneirismo de Shigeru Ueda e Takanori Sekine, que trouxeram a técnica do Japão na década de 1980.

Uma atividade como o cultivo de peixes convencional pode parecer inofensiva ao meio ambiente, mas sua água residual possui níveis elevados de nitrogênio e fósforo que, se lançada diretamente ao ambiente, pode trazer danos irreparáveis ao corpo de água receptor. Em tempos de conscientização com o ecossistema, idéias inovadoras aos poucos podem melhorar a saúde da Terra. A aquaponia, além de ser uma solução para este problema hídrico, também tem um propósito social, como a produção de alimentos com baixo custo.